99年7月19日,當地派出所就把初立文非法關押,迫害初期,由於法理不明、執著太重,在「保證書」上簽了字。回家後,初立文悔恨萬分。此後的幾年中,他加倍彌補,按照師父的要求堂堂正正的走證實大法的路。初立文被非法勞教三年,三年勞教期滿,於2002年4月份被釋放回家。
昌邑610頭子陳曉東於2002年8月份闖入初立文家,把他劫持到看守所,然後又對他非法判刑5年,送入濰北監獄。由於初立文一直在絕食絕水,加上邪惡的迫害,已經不能講話,生命處於極其危險的狀態。
即使這樣,在監獄裏,初立文還在遭受非人的折磨。2004年4月15日,監獄惡警用5根電棍電擊初立文,妄圖強迫他放棄修煉,致使其頭部嚴重受傷腫大。初立文堅信大法,不服從惡人的一切指令。
初立文的兒子、法輪功學員初慶華,和妹妹一起去濰北監獄看望父親,被惡警勾結昌邑公安局陳曉東等惡人強行綁架,送回當地派出所。二十剛出頭的初慶華被秘密非法勞教2年半。此後,一直沒有人去探視初立文。