現任第十屆全國政協主席的賈慶林,在1999年-2002年任北京市委書記時,積極推動參與對法輪功學員的迫害;其在京任職期間,是北京對法輪功學員迫害最瘋狂、殘酷的時期。北京工商大學青年教師趙昕,和梅玉蘭、龔寶華、張淑琪等都是在這期間在北京被迫害致死、「天安門自焚構陷案」亦是在此期間發生的。
賈慶林是被「追查迫害法輪功國際組織」追查的11個直接參與推動對法輪功學員的迫害的中共中央官員之一。
據「追查迫害法輪功國際組織」調查,賈慶林長期以來被認為是江澤民的親信,在著名的「遠華案」中被江力保而得以「過關」。賈在政治上緊跟江澤民的鎮壓法輪功政策,1999年7月20日江氏開始鎮壓法輪功,賈立刻表態支持並召開市委常委擴大會議,要求全市各級黨組織和全體黨員要旗幟鮮明、態度堅決地投入這場政治鬥爭中。
賈慶林在政協和人大會議期間多次反復強調和法輪功的「鬥爭」並利用一切機會攻擊法輪功,他率先會見全國「反法輪功巡迴報告團」為之打氣,還出席北京市「同法輪功鬥爭先進表彰會」並講話鼓勵那些直接參與迫害的單位和個人,賈還具體操縱北京市對法輪功問題的「調查研究工作」。此外,賈慶林還在各種會議和場合攻擊法輪功,如北京市政法工作會議、宗教工作會議、北京市黨代會、慰問公安幹警和商業戰線幹部職工等。在北京市迎接十六大動員會上,他提出把迫害法輪功作為北京市必須重點抓住五個方面的工作之一。他還積極參與對法輪功女學員的迫害。在賈慶林擔任政協主席後主持政協工作的第一次會議,即全國政協十屆一次會議開幕式上,政協副主席李貴鮮作報告就打破了李瑞環主政時的傳統,加進了攻擊法輪功的部份。