1999年7月19日,秦三鳳去上訪被抓,被關在石景山體育館一天,無吃無喝,連上廁所都不讓。晚上11點多被送到海澱區大鐘寺派出所,又被無理在那關押了三天。
2000年7月20日,她上天安門證實法又被抓,被關在北京市密雲拘留所一星期後被湘潭市駐京辦事處關押了五天,回到湘潭市又被拘留了15天,後又被關押在學校的留學生樓,還給她辦學習班(洗腦班)十天,白天4人看管,晚上一人看守。
2000年11月,秦三鳳散發真象傳單被抓,在看守所被非法關押了近一個月。
2001年元月,秦三鳳被非法判勞教1年半,因體檢不合要求,又被送回拘留所,在那裏她又被關押4個月,在此期間她還被開除了黨籍。
到2001年4月她回校這段時間連續18個月,只發給了她200元生活費。平時還有人暗中盯梢,監視她的行動。
秦三鳳共被抄家6次,抄去大法書十幾本,磁帶4盒。