2000年因去北京上訪被抓回後拘留15天(金昌市拘留所),並被罰款9997元說是去北京接她的三個人的費用。經本人力爭後才退回1000元。在當時的壓力下丈夫被迫與她離婚。學校也不讓她給學生上課,讓做飯、幹粗活,每月工資只給200元,沒有住房只好在農村租了一間暫住。有關方面找她談話表示,只要說不煉就給她補發工資,給樓房,並恢復工作。這些都沒有改變她對法輪大法的信念。
2002年8月因散發法輪功真象資料被抓。在金川區公安局被「人民警察」施以「老虎凳」等酷刑折磨,後被非法勞教兩年,關押在甘肅省第一勞教所平安台七大隊二小隊。在勞教所又被毒打、吊背銬進行強迫轉化,因承受不住折磨而違心轉化。後來表示反悔,警察又開始對她進行折磨,在外面罰站1個月不讓進屋睡覺,逼她寫「悔過書」,而她堅決不寫。「警察」就進行毒打折磨,胳膊、腿都被打斷,於2002年11月29日終被折磨死。據說死時體內大量出血,包括肋骨、盆腔都被打骨折。
公安為掩蓋罪行,也不通知家屬直接將遺體火化,然後立即把幾個兇手調離原單位。侯有芳的母親到現在都不知道自己的女兒已經慘死在「人民警察」的手裏。
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